1977年后，由于派系冲突和外援减少，该组织分裂为三个派别，其中两个派别主张在棉兰老岛实行民族自治，另一个主张将棉兰老岛从菲律宾分离出来，建立一个独立的组织。独立国家。 。 1987年1月，后者放弃独立要求，就棉兰老岛区域自治问题与政府进行多次谈判。 1996年9月与政府签署和平协议。2012年10月7日，菲律宾总统阿基诺宣布菲律宾最大反政府武装组织摩洛伊斯兰解放阵线与政府达成协议，结束反政府武装。棉兰老岛南部地区的政府活动。